Todo sobre Bioquímica

Pirosecuenciación: Compilación de Recursos Online

2008-12-21T15:57:00.000-08:00

Principio del método de Pirosecuenciación:

Esta otra animación describe la implementación más difundida de esta tecnología de secuenciación, la que es comercializada por la firma 454 Life Sciences (Click en Genome Sequencer 20 System Multimedia; el enlace directo probablemente no funcione). En esta otra página hay una descripción del principio de este método (que incluye un video). Mas videos de secuenciación, aquí.

Bioquímica Interactiva

2008-12-21T01:36:00.000-08:00

Interactive Biochemistry ilustra mecanismos y características químicas de las enzimas y de otras proteinas. Una serie de Java applets y tutoriales demuestran titulaciones de amino ácidos, enlaces químicos, cinetica enzimática (ecuaciones de Michaelis-Menten, Lineweaver-Burk y Hanes-Woolf, e inhibición reversible), y mecanismos enzimáticos. University of Virginia - Charlottesville.

Ayudas para la enseñanza de la Biotecnología

2008-04-25T08:51:00.000-07:00

Una colección de recursos para la enseñanza de la Biotecnología Molecular, que incluyen métodos sencillos para aislar ADN a partir de cebollas y trigo, y comics didácticos donde se explican las soluciones que proponen estas tecnologías, como por ejemplo Cómo se crea un Cultivo Modificado Genéticamente?, Qué es la Bioinformática?, la Historia del ADN, entre otros temas.

MIT OCW: Cursos completos

2007-06-07T00:07:00.000-07:00

El famoso sitio Open CourseWare del MIT es, según su propia descripción, "una publicación de materiales de estudio [...] gratuita y abierta al mundo. Es una iniciativa editorial electrónica a gran escala, basada en Internet y [cuyos] objetivos son proporcionar un acceso libre, sencillo y coherente a los materiales de los cursos del MIT para educadores del sector no lucrativo, estudiantes y autodidactas de todo el mundo; y crear un modelo eficiente basado en estándares que otras universidades puedan emular a la hora de publicar sus propios materiales pedagógicos." Las materias incluidas pertenecen a los niveles de pre- y postgrado, figurando listados completos de diapositivas de clases, disertaciones, artículos científicos, problemas resueltos, prácticas de laboratorio, proyectos y asignaciones a estudiantes, exámenes pasados resueltos, además de otras ayudas al estudio y enlaces a páginas web útiles. Existen además versiones en español de algunos de los cursos, aunque en mi opinión, las traducciones aun deberían mejorarse. De la gran cantidad de cátedras que figuran, destacamos aquí: Estructura molecular de los materiales biológicos (2002), Biología Molecular (2001), Bioquímica, nivel de postgrado (2001), Genetics (2004), Biological Chemistry II (2004), Experimental Microbial Genetics (2003), Experimental Molecular Biology: Biotechnology II (2005), Developmental Biology (2005), Protein Folding Problem (2003), Molecular Biology (2005), Avoiding Genomic Instability: DNA Replication, the Cell Cycle, and Cancer (2006), Ubiquitination: The Proteasome and Human Disease (2004), Reading the Blueprint of Life: Transcription, Stem Cells and Differentiation (2006), RNA Interference: A New Tool for Genetic Analysis and Therapeutics (2004), Foundations of Computational and Systems Biology (2004), Cognitive & Behavioral Genetics (2001), Nano-life: An Introduction to Virus Structure and Assembly (2005), Systems Biology (2004), Computational Functional Genomics (2005), y un largo etc de otras materias, cuyo listado completo con actualizaciones temporales, puede verse aquí.

Espectrometría MALDI-TOF

2007-06-05T06:40:00.000-07:00

Tutorial animado, que forma parte de Exploration, revista online de investigaciones de Vanderbilt University. En inglés, requiere Flash.

Espectrometría de Masas por Ionización Electrospray

2007-06-05T06:26:00.000-07:00

Tutorial animado, que forma parte de la materia de Genómica por Malcolm Campbell (Davidson College), y como complemento al texto Discovering Genomics, Proteomics & Bioinformatics (2002), por el mismo autor. En inglés, requiere Flash.

Electroforesis en Poliacrilamida - SDS

2007-06-05T06:16:00.000-07:00

Tutorial animado, que forma parte de la colección creada por Thomas G.Chasteen (Sam Houston State University), para su web de Quimio- luminiscencia. En inglés, requiere Flash.

Textos completos en el NCBI

2007-06-03T07:57:00.000-07:00

El Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), probablemente sea la fuente más consultada en cuanto a bases de datos biológicas, ya que alberga GenBank, secuencias de proteinas, RNAs, ESTs, STSs, genomas completos, taxonomía, OMIM, genes homólogos (UniGene), entre otras, sino que además posee una sección bibliográfica, albergando PubMed (MEDLINE), y una colección de libros que va en aumento. Los títulos que destacamos al respecto son: Basic Neurochemistry: Molecular, Cellular, and Medical Aspects (1999); Biochemistry (2002); Developmental Biology (2000); Genomes (2002); Human Molecular Genetics (1999); Introduction to Genetic Analysis (1999); Metagenomics: Sequences from the Environment (2006); Modern Genetic Analysis (1999); Molecular Biology of the Cell (2002); Molecular Cell Biology (1999); Sequence - Evolution - Function Computational Approaches in Comparative Genomics (2003); y varios otros más. En inglés. Ver enlace aquí.

RNABase: Estructuras de RNAs

2007-05-31T04:24:00.000-07:00

La reciente explosión de información de secuencias por los proyectos genómicos, y posteriormente el hallazgo de múltiples nuevas familias de RNAs (microRNAs, siRNAs, entre otros), han enriquecido la visión sobre el papel de estas moléculas en los seres vivientes, únicas por cumplir roles tanto catalíticos (ribozimas), como informativos (mRNAs, tRNAs) y estructurales (rRNAs). El tema de la estructura de los RNAs es, en mi opinión, mucho más interesante que la de otros ácidos nucleicos, debido a su capacidad de formar duplexes, y la tendencia de algunas de auto- complementarse para formar estructuras secundarias. Esta base de datos, contiene todas las estrcturas tridimensionales reveladas hasta la fecha, lo que lo hace una excelente referencia para los investigadores en el área, como para otros con fines académicos (cuenta con un acápite introductorio). En inglés, algunos enlaces requieren programas de visualización de formato PDB, como RasMol o DeepView. Ver el enlace aquí.

MOLIT, Proyecto de Alfabetismo Molecular

2007-05-26T07:51:00.000-07:00

MOLIT (Molecular Literacy Project), es un esfuerzo educativo orientado a la mejora de la enseñanza de la ciencia, enfocado específicamente en preparar estudiantes involucrados en carreras nano- y biotecnológicas. Para este fin, MOLIT proporciona una base de datos de materiales educativos organizados en seis categorías generales: Actividades Centrales, Conceptos/ Disciplinas, Tecnologías, Estándares, Fundamentos Moleculares, y otros. Dentro de estas áreas temáticas hay cientos de actividades que van desde la Síntesis del ADN y proteinas, hasta nanomáquinas. Como parte del mismo proyecto, se ha desarrollado un programa basado en Java, que proporciona excelentes demostraciones animadas de algunos de los conceptos. Los usuarios avanzados de este sitio pueden inclusive construir modelos integrados a partir de los materiales proporcionados. En resumen, un excelente recurso académico de la que cualquier persona relacionada a la enseñanza de Bioquímica y Biotecnología debería estar al pendiente. En inglés, se requiere Java, Quicktime, y Flash para visualizar los módulos educativos, además de los programas Molecular Workbench y Pedagogica Activities, todos disponibles desde la sección de instalación de esta web. Ver el enlace aquí.

Células Madre: Explicación y Exploración

2007-05-25T08:47:00.000-07:00

Albergado en la web de la Universidad de Michigan, el sitio contiene otras características, pero Stem Cells Explained es una de las mejores fuentes de información online para este tema, de lo que llevo visto. Las historias incluyen lo básico acerca de la ciencia de las células madre, un tutorial interactivo multimedia, una lista de investigadores de la misma casa de estudios, y una sección de preguntas y respuestas. En inglés, requiere Flash. Ver el tutorial en su web original aquí.

Métodos de Extracción de ADN [Protocol Online]

2007-05-24T03:55:00.000-07:00

Protocol Online es, desde los tiempos de la explosión de la Internet en los 90s, el punto de encuentro y discusión de bioquímicos, genetistas, y biólogos moleculares que están en búsqueda de un método a implementar, o que simplemente quieren compartir sus protocolos estandarizados. En esta oportunidad, hacemos mención especial de los métodos de extracción de ADN, categoría en la que figuran un considerable número de variantes (que van desde aislamiento de ADN antiguo hasta basados en resinas de sílica), soluciones a problemas (troubleshooting), protocolos generales, FAQs, y otras catgorías relacionadas. Hay además toda clase de protocolos bioquímicos, moleculares, genéticos, inmunológicos, bioinformáticos, entre otros. En ingles, algunos protocolos están en formato de Acrobat Reader. Ver el enlace aqui.

Cómo se hace una planta transgénica?

2007-05-23T00:03:00.000-07:00

En este tutorial animado, según la descripción original se trata de "crear una planta transgénica, insertando uno o más genes en el ADN cromosómico de la planta. El gen puede proceder del mismo tipo de planta, pero a veces puede venir de otro tipo de planta, o inclusive de otro tipo de organismo. En esta actividad, la tarea es producir una plata de tomate que sea resistente a insectos, tomando un gen de una bacteria conocido como Bt, e incorporando ese gen al cromosoma de la planta (Bt, que es la abreviatura de Bacillus thuringiensis, produce toxinas que son dañinas a los insectos pero no a los mamíferos)". Pertenece a la web soporte del documental Harvest of Fear, de la televisión pública de los Estados Unidos, PBS. En inglés, requiere Flash. Ver la animación en su página original aquí.

RNA de Interferencia

2007-05-22T23:20:00.000-07:00

Esta animación y videos, que pertenecen a la sección enfocada en RNAs de Interferencia (RNAi) de web de la revista Nature, trata sobre el proceso de silenciamiento de la expresión de los genes que ocurre naturalmente en la célula, cuando se emplea esta difundida técnica molecular en los diferentes experimentos. Para ver el tutorial desde el enlace original (en inglés, requiere Flash), hacer clic aquí. Alternativamente, este minifilme se puede descargar de la misma web de la revista en diferentes formatos de video (QuickTime o Windows Media Video).

Bioquímica Online: Una aproximación basada en la Química Lógica

2007-05-21T01:38:00.000-07:00

Con la pregunta "¿Porqué química lógica?", el autor de esta página proporciona una explicación racional para su selección de temas en la enseñanza de la Bioquímica, y explica porque difieren de otro tipo de presentaciones más modernas. Esta aproximación es interesante y radical, comenzando con el estudio de la estructura de los lípidos, pasando a la estructura de las proteinas, carbohidratos, DNA/ genómica/ proteómica, interacciones, transporte/ cinética, catálisis, oxidación/ fosforilación, y finalmente transducción de señales. Cada uno de estos ítemes está organizado jerárquicamente con subtópicos que conducen, vía hipervínculos, a más información. Los aficionados a los textos online apreciarán el modo en cómo aquí están estructurados los temas, con extensas descripciones de texto enlazadas con imágenes en algunos casos. Sin duda, otra manera de mostrar la Bioquímica que nos hace pensar de que otras formas de enseñar la materia son posibles. En inglés, ver enlace aquí.

Genética Intermedia

2007-05-20T21:42:00.000-07:00

Este curso de la Universidad Estatal de Dakota del Norte, ofrece algunos tópicos introductorios a la materia, pero vistos muy rápidamente, haciendo referencia al nombre (no es un curso avanzado ni para principiantes). Según la propia descripción, su propósito es "proporcionar profundos cimientos de Genética Mendeliana clásica, Genética de Poblaciones y Evolutiva, y Genética Molecular, con la finalidad de que el estudiante que complete la materia, conozca todas las áreas de esta ciencia, y que tenga el suficiente conocimiento como para desplazarse exitosamente y dominar temas avanzados, lo cual se conseguirá aprendiendo como los genetistas resuelven problemas biológicos, y hacen nuevos descubrimientos." En inglés. Ver el enlace aquí.

Conversión Biológica de Energía

2007-05-19T21:54:00.000-07:00

Conferencia magistral en video a cargo del Premio Nobel de Química (1997), Dr.John Walker, Director del Medical Research Council Dunn Human Nutrition Unit, de Cambridge (Reino Unido), que se desarrolló el pasado 25 de abril en el marco de las charlas de los miércoles en el Instituto Nacional de Salud (NIH) de los Estados Unidos. Dr.Walker ha sido reconocido por su trabajo acerca de la caracterización de la ATP sintetasa, la enzima clave en la conversión de energía química que sostiene todos los requerimientos celulares. En esta charla, Dr.Walker ofrece una aproximación al estudio de los sistemas biológicos de obtención de energía, enfocándose en los modelos de las membranas procarióticas, y de las mitocondrias. En inglés, con subtítulos en el mismo idioma. Duración: 1hr 06min. En formato M4V, reproducible en Real Player (como online stream), o descargable en audio o video (364 Mb). Ver más información aquí.

Biomodel: Páginas de complemento al estudio de Bioquímica y Biología Molecular

2007-05-18T11:28:00.000-07:00

Biomodel, es una extensa colección de tutoriales guiados que, según la descripción de la misma página, "contienen modelos moleculares en movimiento e interactivos que, junto con texto explicativo, ilustran la estructura tridimensional de las biomoléculas". La temática incluye: Ácidos nucleicos, proteínas y sus interacciones mutuas; Modelo de bicapa lipídica: colesterol, fosfolípidos, bicapa y canal de gramicidina; Tutorial de Bioquímica para enseñanza secundaria, que incluye la estructura 3D de glúcidos, lípidos, vitaminas, aminoácidos, péptidos, proteínas, nucleótidos y ácidos nucleicos; Biopolímeros; Proyecto Genoma Humano (Documental en vídeo); Código genético (esquema); Esquemas animados de técnicas y procesos bioquímicos; Estereoisomería de biomoléculas; Estudio de los ácidos nucleicos; Enlaces de hidrógeno en el agua; Ejercicios de autoevaluación; y una colección de enlaces externos para bioquímica y biología molecular. En castellano. Algunos de los módulos requieren Chime, Jmol, u otros plug-ins de video. Para niveles universitario y de enseñanza secundaria. Pertenece al Departamento de Bioquímica y Biología Molecular, de la Universidad de Alcalá de Henares. Ver enlace aquí.

2can: Tutoriales de Bioinformática

2007-05-17T11:42:00.000-07:00

Esta página del Instituto Europeo de Bioinformática (EBI), contiene un conjunto de tutoriales de las principales herramientas encontradas en ese servidor, tanto para secuencias nucleotídicas como de proteinas. Los temas incluidos son: Análisis de nucleótidos, análisis proteómico y de proteinas, funcionalidad de proteinas (patrones y motivos), estructura de proteinas, navegadores de genomas (Ensembl y UCSC), uso de bases de datos (SRS), y otras herramientas del EBI. Para niveles principiante e intermedio. Se incluyen ejercicios utilizando fragmentos de secuencias. En inglés, ver enlace aquí.

Cómo amplificar ADN con 25 dólares?

2007-05-16T08:44:00.000-07:00

En este artículo se describe la construcción de un termociclador programable, a partir de un calentador, una bombilla, un termostato, y algunas partes de PCs viejas (486). Para armarlo, no se requieren habilidades especiales, sino simplemente saber lo básico de soldadura y mecánica. Además, los autores han desarrollado rutinas en lenguaje C (optimizados para Linux), para el control programable del termociclador, que pueden obtenerse de su web. El novedoso aparato ha sido probado por los autores para amplificar por PCR, fragmentos controles del fago Lambda y el gen Tet del plásmido pBR322. Los especificidad y sensibilidad de la PCR han sido comparados con un termociclador de una casa comercial (Perkin Elmer), con resultados satisfactorios.

Betsch, D.F.; and B.S. Blais. 2003. Biochem Mol Biol Ed 31(2):113-114.

Laboratorio Virtual de Extracción de ADN

2007-05-15T00:02:00.000-07:00

Otro excelente tutorial animado del Genetic Science Learning Center (University of Utah), esta vez enfocado en el aislamiento de ADN, partiendo de las razones prácticas por las cuales se lleva a cabo este procedimiento, además de explicar el método completo más comun. En inglés, requiere Flash. Ver más aquí.

GEN Technology Updates: RNAi

2007-05-14T01:46:00.000-07:00

Una interesante colección de artículos que tratan sobre la tecnología de RNAs de interferencia (abreviado: RNAi), seleccionados por la revista Genetic Engineering News, con la finalidad de servir como material de actualización sobre los principios de métodos, sus usos y perspectivas futuras. De la misma colección se pueden encontrar también, un número especial acerca de las nuevas tendencias en secuenciación de ADN, y otro volumen sobre tecnologías de oligonucleótidos. En inglés. Ver el enlace aquí.

Bioquímica del Metabolismo

2007-05-13T17:58:00.000-07:00

Esta página es una colección de materiales para la enseñanza de las vías metabólicas sintéticas y degradativas, que incluye bibliografía, modelamientos moleculares, gráficos, cuestionarios, problemas, entre otras facilidades. Pertenece al Rensselaer Polytechnic Institute. En inglés; algunos de los tutoriales requieren programas de visualización de estructuras en formato PDB, como el Swiss PDB Viewer. El enlace, aquí.

Kit Educativo de Genética de Poblaciones

2007-05-12T14:57:00.000-07:00

La casa Bio-Rad proporciona un kit educativo que posibilita estudiar la Genética Poblacional de la clase, partiendo de muestras que pueden ser cabellos o raspados bucales. El sistema incluye todo para llevar a cabo reacciones de PCR para un total de 32 muestras, suficientes para todos los estudiantes, además de controles, y demás variables. De la página del producto se puede, además, descargar una animación en Flash (ejecutable en Windows) acerca del principio de la PCR, así como una descripción didáctica del procedimiento, para mayor detalle. Ver aquí la página.

Simulación de Espectrometría de Masas

2007-05-11T09:36:00.000-07:00

La página Learning by Simulations es una colección de programas de simulación para varias áreas, y lo que aquí nos interesa particularmente, es presentar esta pequeña aplicación que simula la operación de un espectrómetro de masas tanto en procedimientos cualitativos como cuantitativos, que puede recrear la funcionalidad de un MALDI o un ESI con capacidades cuadrupolo, time- of- flight, entre otros. En inglés o alemán. Ver el enlace aquí.

Taller de ADN: Haga copias Ud. mismo

2007-05-10T13:27:00.000-07:00

En este tutorial, se enseñan los conceptos de la replicación del ADN y la síntesis de proteinas, empleando una aproximación de resolución de problemas. A continuación la animación (Crédito: U.S. PBS -Televisión Nacional de los Estados Unidos). Requiere Shockwave. En inglés.

The ghost in our genes

2007-05-09T15:56:00.000-07:00

Fragmento del episodio así titulado, perteneciente a la serie de documentales Horizon de la BBC. En esta parte, se discuten los posibles efectos hereditarios que tendría el stress traumático durante la vida, tomando como ejemplo la gente que estuvo expuesta cercanamente a los ataques del 9/11 en Nueva York. Los comentarios pertenecen a reconocidos epigenetistas, como Marcus Pembrey, entre otros. Desde YouTube, en inglés.

Cómo extraer ADN de cualquier cosa viva?

2007-05-09T15:54:00.000-07:00

Este didáctico tutorial nos enseña a aislar ADN a partir de varias fuentes, utilizando materiales que se pueden encontrar en cualquier casa, como licuadoras, alcohol, detergentes, y otros elementos comunes. Genetic Science Learning Center, Utah University. En inglés.

Tecnología de Microarrays

2007-05-09T14:23:00.000-07:00

Tutorial animado de cómo se realizan los experimentos usando microarrays, tomando como ejemplo el crecimiento aeróbico y anaeróbico de la levadura de cerveza, Saccharomyces cerevisiae. Crédito: Davidson College. Requiere flash. En inglés.

DNA from the beginning

2007-05-09T09:58:00.000-07:00

Colección de tutoriales en Genética Clásica y Genética Molecular, que incluye animaciones y videos, además de problemas y cuestionarios. En inglés. Requiere flash y quicktime. Enlace aquí.

DNA from the Beginning is organized around key concepts. The science behind each concept is explained by: animation, image gallery, video interviews, problem, biographies, and links.

Enlaces de la antigua versión: Adicionales

2007-05-09T09:17:00.000-07:00

How many words in english do you need to read a paper in biochemistry? Glosario de palabras y frases verbales en ingles de utilidad para introducirse en el lexico empleado en articulos de investigacion en Bioquimica y Biologia Molecular. Incluye un buscador.
How to read a scientific paper? Puntos de vista y guias de como leer correctamente y saber extraer la informacion necesaria desde un articulo de investigacion (editado por el British Medical Journal). Tambien es de utilidad el articulo de Hardin Library.
How to prepare a poster? Como preparar un poster. Se trata de la compilacion de varios sitios al respecto, resumidos y editados. No desistir por el titulo en fines pues todo el resto esta en inglés.
Como escribir un articulo de investigacion? Introduccion a la redaccion de articulos cientificos, su estructura y significado. Basado principalmente en el libro How to write and publish a scientific paper de Robert A. Day (1991). Cornell University.

Enlaces de la antigua versión: Biología Molecular

2007-05-09T09:00:00.000-07:00

Teoria Unificada de la Expresion Genica	PDF
Calculadora de Concentracion de DNA usando OD260	Web
Guias de Purificacion de Acidos Nucleicos (Qiagen GmbH)	Web
Guia de Enzimas para Gene Cloning (Promega Corp.)	Web
Secuencias y Mapas de Vectores (New England Biolabs)	Web
Como construir un termociclador para PCR, gastando US$ 25. Biochem Mol Biol Educ 31(2):113	Web
Como Hacer la Doble Helice del DNA con Origami! TIBS 20:94 (papiroflexia)
Introduccion a la Medicina Genomica NEJM 347:1512	Web
La molecula de DNA mas antigua que haya sido encontrada	Web
Carnobacterium pleistocenium: extremofilo encontrado vivo en el permafrost por cientificos de la NASA. Int J Syst Evol Microbiol 55 (2005), 473;	Web
Software para procesamiento de Cromatogramas de Secuenciación: Chromas y ABIview	ABIview Web
Oligonucleotide Analyzer: calcula Tm, energia libre, peso molecular y formaciones de loops y estructura secundaria	Web
WebCutter: deteccion online de sitios de restriccion
REBASE: Restriction Enzyme Database	Web
VectorDB: Molecular Biology Vector Sequence Database	Web
Genomes Online Database: Cuántos Genomas Completos se han publicado? y Cuántos Genomas se estan desarrollando?
Nucleic Acids Research Server (2003), Database (2004) and Molecular Biology Database Collection, 2004 Update
Victor McKusick's Online Mendelian Inheritance in Man	Web
Diferencias entre Procariotes y Eucariotes (del MIT Open Courseware)	PDF
Primer On Molecular Genetics	Web
NIH VideoCast: Eventos, seminarios y conferencias de National Institutes of Health, disponibles online
Genomes News Network	Web
Genomica Funcional: Papers y Links	Web
Articulos Clasicos de Oswald Avery, Joshua Lederberg, Marshall Niremberg, Barbara McClintock y Christian Anfinsen	Web
Audios de Entrevistas a James Watson y Francis Crick en BBC Radio 4	Web
The Double Life of RNA - The 1995 Webcast Lectures. Presentado por el premio Nobel Thomas R. Cech	Web
John Kyrk's Cell Molecular Biology Animations	Web
Animaciones de Tecnologias: Microarrays; RNAs de Interferencia; PCR (Zip); Southern blott (Zip); Secuenciacion (Zip y GIF animado); Electroforesis de Secuenciacion (GIF animado); y Deteccion en Secuenciador ABI377 (GIF animado)
LabBench, tutorial de transformacion y electroforesis	Web
VirtLab, simulacion de laboratorio	Download